长期服用避孕药可能会对身体产生多方面影响。一般来说，长期服用避孕药可能会使部分女性的体重有所变化，约有5%-10%的女性可能出现体重增加情况。
对月经的影响
经期改变： 部分女性服用避孕药后会出现经期缩短、经量减少的情况。不过也有少数人会出现经期延长或经量增多的现象，但这种情况相对较少见。经期规律性： 复方短效避孕药如果规律服用，能使月经周期变得更规律。但如果漏服等情况，可能会引起突破性出血。
对身体代谢的影响
血脂变化： 长期服用某些含有雌激素的避孕药可能会对血脂产生影响，可能导致低密度脂蛋白升高，高密度脂蛋白降低，不过这种影响个体差异较大，并不是所有服用者都会出现明显变化。碳水化合物代谢： 有研究发现，长期服用避孕药可能会对碳水化合物代谢有一定作用，少数女性可能会出现胰岛素抵抗的倾向，但一般在停药后会逐渐恢复。
对健康风险的影响
血栓风险： 长期服用避孕药会略微增加静脉血栓的风险，尤其是有吸烟习惯、年龄较大（35岁以上）的女性风险相对更高。不过总体来说，这种风险还是比较低的，但需要引起注意。妇科疾病风险： 有研究显示，长期服用复方口服避孕药可能对某些妇科疾病有一定的预防作用，比如能降低卵巢癌、子宫内膜癌的发病风险，但同时也可能增加乳腺癌的相对风险，但这种风险提升幅度较小。