怀孕三个月小腹右侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫圆韧带，引起小腹右侧隐痛。这是正常的生理现象，通常不需要特殊处理。
2.先兆流产：如果小腹右侧隐痛同时伴有阴道出血，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床，常见于输卵管。宫外孕可能会导致小腹右侧隐痛，并伴有阴道出血、休克等症状，需要及时就医，进行手术治疗。
4.阑尾炎：阑尾位于右下腹，如果怀孕前有慢性阑尾炎病史，怀孕后可能会复发，导致小腹右侧隐痛。需要及时就医，进行抗炎治疗或手术治疗。
5.其他：怀孕期间，还可能会出现其他一些疾病，如右侧输尿管结石、右侧附件炎等，也可能会导致小腹右侧隐痛。
如果怀孕三个月小腹右侧隐痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，怀孕期间要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉悦，合理饮食，定期产检。