关键点：月经结束时出现咖啡色分泌物的常见原因包括黄体功能萎缩不全和炎症、器质性病变。
一、黄体功能萎缩不全：女性卵巢具有周期性排卵功能，同时会周期性分泌雌孕激素，这使得子宫内膜可依次经历增殖期、分泌期和剥脱期的循环变化。然而，当部分患者的黄体功能出现萎缩不全或黄体功能下降时，在整个月经期甚至月经快要结束时，由于孕激素水平的影响，患者就可能出现月经后淋漓不尽且呈现咖啡色的分泌物。
二、炎症、器质性病变：这包含了多种情况，如子宫内膜、宫颈存在息肉，或者子宫内膜、宫颈出现癌前病变或癌变，还有部分患者与子宫黏膜下肌瘤、腺肌症、腺肌瘤等相关。这些问题都有可能导致月经结束后出现异常的咖啡色分泌物。
总结概况提示：月经结束时出现咖啡色分泌物的原因主要有黄体功能萎缩不全以及一些炎症、器质性病变，了解这些原因有助于对该情况进行正确的诊断和处理。