头疼时一般可以根据不同情况选择不同科室就诊。如果是突发剧烈头疼，或者头疼伴随呕吐、意识障碍等情况，首先可以考虑挂神经内科，大约有80%的头疼患者最初就诊科室是神经内科。
神经内科：
原发性头疼：像偏头痛比较常见，约占头疼患者的10% - 20%，多表现为单侧头部搏动性疼痛，可能伴随恶心、呕吐等症状。还有紧张性头疼也属于原发性头疼范畴，通常是头部有紧箍样压迫感。继发性头疼：由其他疾病引起的头疼也需要挂神经内科，比如脑血管疾病，像脑出血、脑梗死等，这类疾病导致的头疼往往比较严重，可能还会伴有肢体活动障碍等表现；颅内肿瘤也会引起头疼，并且头疼会逐渐加重。
耳鼻喉科：
鼻窦炎引发的头疼：如果头疼伴随鼻塞、流涕等症状，有可能是鼻窦炎导致的。例如急性鼻窦炎，患者除了头疼外，还会有鼻腔脓性分泌物增多的情况，头疼部位多与鼻窦所在位置相关，如上颌窦炎可能引起面颊部和前额部头疼。中耳炎相关头疼：当中耳炎炎症波及周围组织时，也可能引发头疼，尤其是慢性中耳炎反复炎症刺激的情况下，头疼可能会间断出现。
急诊科：
突发严重头疼：如果头疼非常剧烈，像爆炸样疼，同时伴有恶心、呕吐、意识模糊等情况，这时候需要马上挂急诊科，因为这种情况可能是蛛网膜下腔出血等危急重症，需要紧急处理，这类危急情况耽误不得，必须尽快得到救治。
口腔科：
牙齿疾病导致的牵涉性头疼：比如牙髓炎，炎症刺激会引起头疼，这种头疼往往和牙齿疼痛相关联，患者能明确感觉到牙齿有疼痛不适，然后伴随头疼，疼痛可能会放射到头部相应区域。还有智齿冠周炎，炎症扩散时也可能引发头疼，伴有牙龈肿胀、张口受限等症状。