多发性肾囊肿的严重程度取决于囊肿的大小、数目以及是否对肾组织造成压迫等情况。如果多发性肾囊肿体积较小、数目较少且未对肾组织造成压迫，通常不严重；若囊肿体积过大、数目过多且压迫肾组织，可能导致肾功能减退，这种情况则较为严重。
临床上将两个以上的肾囊肿称为多发性肾囊肿，其一般由肾小管的憩室发展而来。具体过程是肾小管憩室在不断膨大时与肾小管分离，形成独立的囊泡即囊肿，且囊肿会不断增大，在此过程中可能会对肾脏产生影响。判断标准通常为单侧肾脏囊肿数目小于3个、体积小于4cm且向外生长时，一般对肾脏影响不大；而若囊肿数量超过3个、体积大于4cm且向内生长，则可能对肾脏造成影响，如挤压肾脏的实质，从而导致局部肾功能减退，患者可出现血肌酐、尿素氮升高等情况，甚至发展至肾功能不全乃至尿毒症，这种情况就比较严重了。
对于多发性肾囊肿，一般以手术治疗为主，手术方法包括经皮穿刺抽吸硬化剂、肾囊肿去顶减压术、囊肿切除术等。患者应及时就诊，通过检查明确多发性肾囊肿的性质，并进行积极有效的治疗。此外还需注意与多囊肾进行鉴别。多囊肾是一种遗传性疾病，常见于成人，患者会表现出血尿、蛋白尿、血肌酐、尿素氮升高等现象，还可能出现尿路感染、尿路结石等。对此要加以鉴别，一般可结合患者的家系、临床表现、遗传学检查等进行综合判断。
总之，多发性肾囊肿的严重程度需综合多方面情况判断，确诊后应及时治疗并注意与其他疾病鉴别。