肺孢子菌肺炎主要通过药物治疗，首选药物是复方磺胺甲恶唑，一般需要治疗14 - 21天左右。
药物治疗选择
复方磺胺甲恶唑： 是治疗肺孢子菌肺炎的基础用药，它可以抑制肺孢子菌的叶酸合成，从而发挥抗菌作用。对于免疫功能正常的患者，通常采用口服给药；而免疫功能严重受损的患者可能需要静脉给药。喷他脒： 对于不能耐受复方磺胺甲恶唑或者复方磺胺甲恶唑治疗无效的患者可以选用喷他脒。喷他脒能干扰肺孢子菌的DNA合成和代谢。
支持对症治疗
氧疗： 如果患者存在低氧血症，需要进行氧疗。根据患者的血氧情况调整吸氧浓度，一般使血氧饱和度维持在90%以上。对于严重低氧血症的患者，可能需要无创通气甚至有创机械通气来维持呼吸功能。营养支持： 患者需要保证充足的营养摄入，对于不能经口进食或者进食不足的患者，可能需要通过鼻饲或者静脉营养的方式补充营养，以维持患者的身体机能，一般每天需要保证足够的热量供应，例如成年患者每天热量摄入应维持在2000 - 2500千卡左右。
针对基础疾病的治疗
对于艾滋病患者： 在治疗肺孢子菌肺炎的同时，需要积极进行抗艾滋病病毒治疗。一般在肺孢子菌肺炎病情稳定后，就可以开始抗艾滋病病毒治疗，通过联合使用多种抗艾滋病病毒药物来抑制病毒复制，改善患者的免疫功能。对于免疫抑制患者： 要尽量调整导致免疫抑制的相关治疗，比如肿瘤患者如果正在进行化疗，可能需要根据患者的情况适当调整化疗方案，减少免疫抑制的程度，为肺孢子菌肺炎的治疗创造更好的条件。