13价肺炎疫苗的不良反应相对较轻微，多数为局部和全身的一般反应。一般来说，接种后24小时内可能出现局部反应，比如接种部位约有10%-30%的受种者会出现红肿、疼痛，红肿直径通常在2.5厘米以内；全身反应方面，约5%-10%的受种者可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5℃-38.5℃之间，持续1-2天可自行缓解。
局部不良反应情况
接种部位红肿： 这是比较常见的局部反应，多数红肿程度较轻，一般不需要特殊处理，保持局部清洁干燥即可，通常1-3天会逐渐消退。接种部位疼痛： 部分受种者会感到接种部位有疼痛感，一般也是轻度的，通常在几天内会自行消失。
全身不良反应情况
发热表现： 除了低热，少数受种者可能出现中度发热，体温在38.5℃-39℃之间，但这种情况相对较少见。其他全身不适： 还有极个别受种者可能出现乏力、烦躁、食欲减退等全身不适症状，但一般程度较轻，不需要过于担忧，大多能在短时间内恢复。
特殊人群的不良反应差异
婴幼儿： 婴幼儿接种13价肺炎疫苗后，出现不良反应的概率和表现可能与成人有一定差异。婴幼儿的免疫系统发育尚不完善，可能对疫苗的反应稍敏感一些，但总体上仍以局部和轻度全身反应为主。比如局部红肿可能相对更易出现，不过一般也能较快恢复。过敏体质儿童： 过敏体质的儿童接种13价肺炎疫苗后，发生过敏反应的风险相对普通儿童略高。过敏反应可能表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等较严重的情况，如果出现这些症状，需要立即就医进行处理。