疣状痣一般可通过多种方法治疗，比如手术治疗。手术切除是比较直接的方式，对于较小的疣状痣，可一次切除缝合；但如果面积较大，可能需要分次切除或者配合植皮等手术方式。一般来说，手术治疗的效果较为确切，但创伤相对较大。
激光治疗方式
二氧化碳激光： 利用高能量激光束烧灼疣体，使其碳化坏死脱落。对于较小且表浅的疣状痣有较好效果，通常治疗后局部会有结痂过程，一般1 - 2周结痂可脱落。不过，对于较厚的疣状痣可能需要多次治疗。脉冲染料激光： 主要针对疣状痣中的血管成分等情况，对于伴有血管增生的疣状痣有一定作用。治疗后局部可能会有轻度红肿，一般数天可消退。
冷冻治疗办法
液氮冷冻： 采用液氮的低温使疣体组织坏死脱落。治疗时会有局部疼痛等感觉，治疗后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落。一般每次冷冻间隔2 - 3周，可能需要多次冷冻才能完全去除疣体，但对于一些面积不大的疣状痣有一定疗效。不过，冷冻治疗可能会留下色素沉着等情况，尤其是肤色较深的人群要注意。
药物治疗情况
目前针对疣状痣的特效药物相对较少。一些外用药物可能有一定的腐蚀、剥脱作用，比如维A酸类药物，但效果因人而异。维A酸类药物可能会引起局部刺激反应，如发红、脱屑等，使用时要注意在医生指导下进行，且儿童使用需谨慎，避免自行滥用。