HPV阳性的处理需根据具体情况来定，多数HPV感染可通过自身免疫力清除，一般无需特殊治疗，但有少部分持续感染可能需要干预。比如，约90%的HPV感染在1-2年内会被免疫系统清除。
自身免疫清除为主
人体自身免疫系统有清除HPV的能力，对于大部分免疫力正常的人感染HPV阳性，通常不需要使用药物进行针对HPV的特殊治疗，只要定期复查就行，一般建议12个月左右复查HPV和宫颈TCT（液基薄层细胞学检测），观察病毒是否自行清除以及宫颈细胞有无病变。
异常情况需医学干预
宫颈低度病变且HPV持续感染
如果宫颈TCT提示低度鳞状上皮内病变，同时HPV持续感染，可能需要进行物理治疗，如冷冻治疗、激光治疗等。冷冻治疗是利用低温使病变组织坏死脱落，一般一次冷冻可能需要几分钟，术后要注意保持创面清洁，避免感染。激光治疗则是利用激光的能量破坏病变组织，术后可能会有少量阴道分泌物，持续时间一般1 - 2周。
宫颈高度病变或可疑癌前病变
当宫颈TCT提示高度鳞状上皮内病变或可疑癌前病变，且HPV阳性时，可能需要进行宫颈活检以明确诊断。如果确诊为高级别鳞状上皮内病变，可能需要进行宫颈锥切术，如利普刀锥切术。利普刀锥切术一般在月经干净3 - 7天进行，术后要注意休息，避免剧烈运动，按照医生要求按时复查。
特殊人群需特别关注
孕妇HPV阳性
孕妇感染HPV阳性比较常见，多数孕妇可通过自身免疫清除病毒。但需要密切观察宫颈情况，因为孕期激素变化可能影响宫颈状态。如果是接近预产期发现HPV阳性，一般不影响顺产，但要在产后复查HPV和宫颈情况。如果孕妇合并有宫颈病变相关情况，需由产科医生和妇科医生共同评估处理。
免疫力低下人群
如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人感染HPV阳性后，病毒持续感染的风险较高，需要更密切监测，可能需要在医生评估下考虑使用一些辅助增强免疫力的方法，但主要还是依靠自身免疫力，同时积极治疗基础疾病来提高免疫力，促进HPV清除。