生殖器疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的，其中约90%由单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）导致，10%由单纯疱疹病毒Ⅰ型（HSV-1）引起。它主要通过性接触传播，比如与携带病毒的性伴侣发生无保护的性行为时，就很容易被感染。
传播途径方面
性接触传播是主要途径： 与患有生殖器疱疹的患者进行无防护的阴道性交、肛门性交或口交等性行为时，病毒可通过皮肤或黏膜的微小破损进入对方体内而感染。据统计，与患有生殖器疱疹的异性发生一次性接触，另一方被感染的概率约为10% - 15%。母婴传播： 孕妇如果患有生殖器疱疹，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会感染病毒，引发新生儿疱疹，这会对新生儿的健康造成严重影响，如出现皮肤、眼睛、口腔等部位的疱疹，甚至可能累及中枢神经系统等。
易感人群情况
有多个性伴侣者： 性伴侣数量越多，感染生殖器疱疹的风险就越高。因为多个性伴侣意味着接触病毒源的机会增加，更容易在不同性伴侣之间传播病毒。性生活无保护措施者： 不使用安全套等防护措施时，生殖器直接与含有病毒的体液接触，感染几率大大增加。比如在没有防护的情况下发生性行为，感染HSV的风险比使用安全套的情况高很多。免疫力低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，由于自身免疫力较弱，对病毒的抵御能力下降，更容易感染生殖器疱疹，而且感染后病情可能相对较重，复发的几率也较高。
病毒潜伏与复发情况
病毒潜伏： 单纯疱疹病毒感染人体后，会潜伏在神经节内，比如HSV-2常潜伏在骶神经节内。当人体免疫力下降时，如患有其他疾病、过度劳累、月经来潮等情况，潜伏的病毒就可能被激活，从而导致生殖器疱疹复发。复发相关： 生殖器疱疹容易复发，大多数患者在初次感染恢复后1 - 4个月内会复发。复发时症状通常比初次感染时轻，但仍会有生殖器部位的水疱、溃疡、疼痛等不适症状，给患者带来身体和心理上的双重困扰。