子宫内膜异位症的治疗方式需根据患者年龄、症状、病变部位及范围等综合判断。一般来说，治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。
药物治疗
非甾体抗炎药： 比如布洛芬等，能缓解子宫内膜异位症引起的疼痛症状，一般在疼痛发作时服用，可减轻炎症反应和疼痛感觉，但不能从根本上治疗疾病。避孕药： 复方口服避孕药是常用药物之一，通过抑制排卵，改变子宫内膜环境，减少异位内膜的生长，连续服用3 - 6个月可能会有一定效果，但部分人服用后可能出现恶心、呕吐等不良反应。
手术治疗
保守性手术： 适用于有生育要求的年轻患者。例如腹腔镜下盆腔异位病灶切除术，通过手术切除可见的异位病灶，但术后有复发的可能，据统计约有40%左右的患者术后会在1 - 2年内复发。半根治性手术： 适用于无生育要求、年龄较大但希望保留卵巢功能的患者。主要是切除子宫和病灶，但保留一侧或双侧卵巢，术后仍需注意激素变化带来的影响。根治性手术： 适用于年龄较大、无生育要求且病情严重的患者，将子宫、双侧附件及盆腔内所有异位病灶切除，术后患者不再有月经，也基本消除了疾病复发的可能，但对身体的影响较大。
聚焦超声治疗
原理： 利用超声波聚焦在体内的异位病灶处，使病灶组织发生凝固性坏死，从而达到治疗目的。这种治疗方式相对创伤较小，恢复较快，一般治疗后患者的疼痛症状会有所缓解，且对卵巢功能的影响相对较小，但并非所有患者都适合该治疗方法，需要医生评估病灶的位置、大小等情况来决定是否采用。