13价肺炎疫苗常见的不良反应一般有局部反应、全身反应等情况。一般来说，多数不良反应比较轻微，1 - 2天内可自行缓解。
局部不良反应
注射部位红肿：接种13价肺炎疫苗后，部分接种者可能会出现注射部位红肿的情况，一般红肿范围比较局限，直径通常在2 - 5厘米左右，多数在接种后的1 - 2天内出现，然后逐渐消退。注射部位疼痛：接种处可能会有疼痛感觉，这种疼痛一般为轻度至中度，大多孩子可以耐受，通常在接种后的当天或次日较为明显，之后会慢慢减轻。
全身不良反应
发热：接种后可能出现发热症状，一般为低热，体温多在37.5 - 38.5℃之间，这种发热多数在接种后的1 - 2天内出现，持续时间较短，一般1 - 2天可自行恢复正常。不过也有少数可能出现中度发热，体温在38.5 - 39℃左右，但相对较少见。哭闹不安：有些婴幼儿接种后可能会出现哭闹不安的情况，这可能是因为身体有不适感，一般在发热、局部不适等因素影响下出现，随着身体不适缓解，哭闹也会逐渐停止。烦躁：部分接种者可能会表现出烦躁的情绪，可能是由于身体的轻微不适导致，一般持续时间不长，随着不良反应的缓解而改善。
罕见不良反应
过敏反应：虽然罕见，但也有可能出现过敏反应，如皮肤出现荨麻疹、瘙痒，严重的可能会出现呼吸困难、面部肿胀等症状。如果出现过敏反应，需要立即就医进行处理。胃肠道不适：少数人可能会出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻等症状，但发生概率相对较低，一般症状较轻，经过适当休息和护理后可逐渐恢复。