肠道功能紊乱的症状多样，常见的有腹痛，约有20%~50%的肠道功能紊乱患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位不定，以下腹和左下腹较为多见，一般在排气或排便后缓解。
消化系统症状
腹胀： 患者常自觉腹部胀满不适，进食后可能加重。一般来说，这种腹胀会持续数小时甚至数天，尤其在摄入较多产气食物后，腹胀感会更明显。比如吃了豆类、洋葱等易产气食物后，腹胀情况可能会加重。腹泻： 部分肠道功能紊乱患者会出现腹泻症状，大便次数增多，可为每日3~5次甚至更多，大便多呈稀糊状，有时也会为稀水样便，但一般无脓血。这种腹泻可能在情绪紧张、压力大时发作更频繁，比如考试前、工作压力大时，腹泻症状可能会加重。便秘： 与腹泻相反，有的患者会出现便秘症状，表现为排便困难，大便干结，数天甚至一周以上才排便一次。便秘的发生也与肠道功能紊乱导致的肠道蠕动异常有关，比如肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，就会导致大便干结难以排出。
全身症状
失眠多梦： 肠道功能紊乱可能会影响神经系统，进而导致患者出现失眠多梦的情况。据统计，约有30%~50%的肠道功能紊乱患者存在睡眠方面的问题，表现为入睡困难、睡眠浅、多梦等，长期的失眠多梦又会反过来加重肠道功能紊乱的症状，形成恶性循环。焦虑抑郁： 由于肠道不适长期困扰，患者容易出现焦虑、抑郁等情绪问题。肠道内的一些神经递质与情绪密切相关，当肠道功能紊乱时，这些神经递质的平衡被打破，就可能引发焦虑、抑郁情绪。比如患者长期被腹痛、腹泻等症状折磨，就可能逐渐产生焦虑情绪，担心病情难以治愈等。
其他表现
恶心呕吐： 部分肠道功能紊乱患者会出现恶心，甚至呕吐的症状，尤其是在进食不当时更容易发生。比如吃了油腻、辛辣等刺激性食物后，可能会诱发恶心呕吐，呕吐物多为胃内容物。疲劳乏力： 长期受肠道功能紊乱影响，患者可能会感到全身疲劳乏力，精神状态不佳。这是因为肠道功能紊乱导致营养吸收受到一定影响，身体得不到充足的营养供应，同时长期的不适症状也会消耗患者的体力，从而出现疲劳乏力的表现。