手淫后肚子疼可能由多种原因引起，比如过度刺激导致的肌肉痉挛，一般这种情况多可自行缓解，但也可能存在其他问题。
生理层面的肌肉痉挛因素
局部肌肉过度紧张： 手淫过程中，会阴部、下腹部等部位的肌肉会处于比较紧张的状态。如果手淫时间较长或者力度较大，就可能引起这些部位肌肉的痉挛，从而导致肚子疼。这种情况比较常见，通常休息一会儿，放松肌肉后，肚子疼的症状会逐渐减轻。一般来说，这种因肌肉痉挛引起的肚子疼，短时间内（可能几十分钟到1 - 2小时）就能缓解。肠道受刺激： 强烈的手淫刺激可能会通过神经反射影响肠道的蠕动等功能。比如可能导致肠道蠕动紊乱，引起肠道痉挛性疼痛。这种情况下，疼痛的程度可能因人而异，有的可能只是轻微的不适，有的可能相对明显一些。
潜在疾病诱发因素
前列腺炎相关： 对于男性来说，如果本身有前列腺炎的潜在问题，过度手淫可能会诱发前列腺炎发作，从而出现肚子疼的情况。不过这种情况相对不是马上就会出现，可能是长期过度手淫后才逐渐显现。前列腺炎一般会有尿频、尿急等伴随症状，但手淫后肚子疼也可能是其中一个表现。妇科炎症相关（女性）： 女性如果本身有妇科炎症，手淫时不注意卫生等情况可能会加重炎症刺激，引发下腹部疼痛。例如患有阴道炎、宫颈炎等炎症时，手淫刺激可能会让炎症部位受到更多刺激，导致肚子疼。而且妇科炎症引起的肚子疼可能持续时间相对较长，如果不进行相应治疗，不会自行轻易缓解。
心理因素相关影响
心理紧张导致躯体化表现： 部分人可能因为对手淫存在一些错误的认知，手淫后会产生心理紧张、焦虑等情绪，这种情绪可能会导致躯体化的表现，出现肚子疼的情况。比如有些人会因为担心手淫对身体有害等心理压力，进而感觉肚子疼，但实际上身体并没有器质性病变。不过这种心理因素引起的肚子疼，在调整好心态后，症状也会有所改善。