肛门脓肿是肛门直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性或慢性化脓性感染并形成脓肿；痔疮是肛垫病理性肥大、移位及肛周皮下血管丛血流瘀滞形成的团块。两者主要在特征、病史、分泌物等方面存在区别。
一、特征方面：
1.肛门脓肿会引发硬结、肿块，其距肛缘通常有一定距离，表现为局部皮肤红肿，可摸到肿块或者波动感。
2.痔疮生长在肛门缘且与肛门紧密相连。
二、病史方面：
1.肛门脓肿可见肛门红、肿、热、痛，并且多有肛瘘病史。
2.痔疮与肛门脓肿都会导致肛门肿痛，不过痔疮肿痛多由内痔嵌顿或者炎性外痔引起，用手还纳后可缓解。
三、分泌物方面：
1.肛门脓肿分泌物虽较少，但作为脓性物，有的会伴有臭味。
2.痔疮患者一般肛门分泌物较少，仅当内痔严重脱出时可能有分泌物存在，但其分泌物通常比较稀薄。
总之，肛门脓肿和痔疮在多个方面存在明显差异，通过对这些方面的仔细辨别，有助于准确诊断和区分这两种病症。