醒来喉咙有痰可能由多种原因引起。一般来说，上呼吸道感染是常见原因之一，比如病毒感染后，呼吸道黏膜分泌增加，可能导致醒来喉咙有痰，这种情况在秋冬季节较为多见，约有30% - 50%的上呼吸道感染患者会出现喉咙有痰的症状。
一、环境因素导致
空气干燥： 如果室内空气过于干燥，湿度低于40% - 50%时，会使呼吸道黏膜水分丢失，黏液分泌变得黏稠，容易在喉咙形成痰液。比如在冬季使用暖气或空调时，若不注意加湿，就容易出现这种情况。空气污染： 长期处于污染严重的环境中，如雾霾天气，空气中的粉尘、有害气体等会刺激呼吸道，导致黏膜分泌增多，产生痰液。例如在重度雾霾天，每立方米空气中的污染物含量可能远超国家空气质量标准，长期暴露会明显增加喉咙有痰的几率。
二、疾病因素导致
慢性咽炎： 患有慢性咽炎时，咽部黏膜长期处于炎症状态，会持续分泌黏液，从而导致醒来喉咙有痰，这种情况可能会持续3个月以上。患者还常伴有咽部异物感、痒感等症状。鼻炎或鼻窦炎： 鼻腔和鼻窦的炎症会产生大量分泌物，这些分泌物可倒流至咽喉部，引起喉咙有痰。例如，过敏性鼻炎患者，因过敏反应导致鼻腔分泌物增多，夜间平躺时更容易倒流至喉咙，早上醒来就会感觉喉咙有痰，这类患者可能每年过敏发作次数可达数次甚至数十次。
三、生活习惯因素导致
吸烟： 吸烟时产生的烟雾会刺激呼吸道，损害呼吸道黏膜，使黏液分泌增加。长期吸烟的人，每天吸烟10支以上，喉咙有痰的发生率比不吸烟者高很多。烟雾中的尼古丁等成分会抑制纤毛的运动，影响痰液的排出。饮食习惯： 经常吃辛辣、油腻食物，如辣椒、油炸食品等，会刺激咽喉部黏膜，导致黏液分泌异常，容易产生痰液。比如每周吃3次以上辛辣油腻食物的人群，比饮食清淡人群醒来喉咙有痰的可能性要高约20%。