疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，一般病程在1周左右，治疗上主要是对症用药来缓解症状。
抗病毒药物的应用
常用药物：目前对于疱疹性咽峡炎，常用的抗病毒药物有干扰素α等。干扰素α具有广谱抗病毒活性，能抑制病毒复制。但需要注意的是，不建议常规使用抗病毒药物，因为多数情况下它是自限性疾病。
对症治疗药物
退热药物：
如果患者出现发热症状，当体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚来退热。对乙酰氨基酚适用于儿童和成人，能有效降低体温，缓解发热带来的不适。但要注意按照规定剂量使用，避免过量。
缓解咽痛药物：
对于咽痛明显的患者，可以使用含漱液，如生理盐水含漱，能清洁口腔，减轻局部炎症和疼痛；也可以使用一些局部喷雾，如西瓜霜喷雾，有一定的消肿止痛作用。
特殊人群用药注意
儿童患者：
儿童患疱疹性咽峡炎时，使用药物需更加谨慎。例如在使用退热药物时，2 - 3岁儿童可以选择对乙酰氨基酚混悬液，要严格按照体重计算剂量。同时，儿童使用含漱液等药物时，要防止误咽，并且要在成人监护下使用。
孕妇患者：
孕妇患疱疹性咽峡炎时，用药需格外小心。一般不轻易使用抗病毒药物，退热等对症治疗也要选择相对安全的药物，最好在医生指导下进行，因为很多药物可能会对胎儿产生影响。
一般护理与注意事项
在药物治疗的同时，还需要注意一般护理。患者要多休息，保证充足的睡眠，有助于身体恢复。饮食上要吃清淡、易消化的食物，避免吃辛辣、刺激性食物，以免加重咽痛症状。同时要注意隔离，因为疱疹性咽峡炎具有传染性，避免交叉感染给他人，尤其是免疫力较低的人群。