治疗灰指甲并没有绝对的“特效药”，常用的药物有口服抗真菌药和外用抗真菌药等。比如口服的伊曲康唑胶囊，一般需要按疗程服用，通常一个疗程可能需要连续服用一段时间，但具体效果因个体差异有所不同。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：它是一种广谱的三唑类抗真菌药物，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。不过，肝功能不全者需要谨慎使用，因为药物主要通过肝脏代谢。特比萘芬：属于丙烯胺类抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。但有严重肝肾功能不全的患者要慎用。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它可以干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而影响真菌的生长和繁殖。一般每周使用1 - 2次，连续使用数月，不过对于比较严重的灰指甲，单独使用搽剂效果可能相对较慢。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，来影响真菌细胞的正常代谢。使用时需涂抹在病甲部位，但对于增厚严重的病甲，可能需要先进行削磨等预处理。
综合治疗情况
对于灰指甲的治疗，有时候需要结合口服和外用药物一起使用，这样效果可能更好。而且治疗周期相对较长，一般手指甲灰指甲的治疗可能需要2 - 3个月，脚趾甲灰指甲的治疗可能需要3 - 6个月甚至更久。在治疗过程中，要注意保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，本身有糖尿病等基础疾病的患者，治疗灰指甲时需要更加谨慎，因为这类患者灰指甲更容易反复发作且可能加重基础疾病的控制难度。