脚上长跖疣可以使用以下药物进行治疗：
1.外用药物：
角质松解剂：如5%的水杨酸软膏、15%的尿素软膏等，可以促进角质松解，帮助疣体脱落。
抗病毒药物：如0.5%的鬼臼毒素酊、5%咪喹莫特乳膏等，可以抑制病毒复制，促进疣体消退。
免疫调节剂：如干扰素凝胶等，可以调节机体免疫力，增强抗病毒能力。
2.口服药物：
免疫调节剂：如转移因子胶囊、胸腺肽肠溶片等，可以调节机体免疫力，增强抗病毒能力。
抗病毒药物：如阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等，可以抑制病毒复制，促进疣体消退。
需要注意的是，药物治疗跖疣的效果因人而异，部分患者可能需要多种药物联合使用，或者配合物理治疗、手术治疗等方法。此外，使用药物治疗时应注意药物的不良反应，如局部刺激、过敏等。如果跖疣症状较为严重，或者药物治疗效果不佳，建议及时就医，采取其他治疗方法。同时，跖疣具有传染性，患者应注意个人卫生，避免搔抓患处，以免疣体扩散。