再生障碍性贫血的病因较为复杂，目前认为可能与以下几方面因素有关。据研究，约半数以上的再生障碍性贫血患者病因不明确，而能明确的病因主要包括以下这些情况。
遗传因素相关
先天性再生障碍性贫血： 比如范可尼贫血，这是一种常染色体隐性遗传性疾病，患者通常在儿童时期就可能出现再生障碍性贫血的相关表现，如全血细胞减少等。其发病与特定的基因缺陷有关，这些基因缺陷会影响骨髓造血干细胞的正常功能，导致造血功能逐渐出现障碍。其他罕见遗传突变： 某些罕见的遗传突变也可能引发再生障碍性贫血，虽然这类情况相对较少见，但从遗传学角度看，基因层面的异常改变会干扰骨髓造血的正常调控机制，使得造血干细胞不能正常增殖和分化，进而引发疾病。
化学物质因素
药物因素： 有一些药物可能会引起再生障碍性贫血，像氯霉素，它在临床上使用时可能会对骨髓造血干细胞产生抑制作用。据统计，长期或过量使用氯霉素的人群中，发生再生障碍性贫血的风险会明显增加。还有一些抗肿瘤的化疗药物，如烷化剂等，在治疗肿瘤的过程中，也可能损伤骨髓造血干细胞，导致再生障碍性贫血的发生。化学毒物： 长期接触苯及其衍生物也容易引发再生障碍性贫血。比如在一些化工行业中，工人长期处于苯浓度较高的环境中，苯会干扰骨髓造血微环境，影响造血干细胞的增殖和分化，逐渐导致骨髓造血功能衰竭，引发再生障碍性贫血。一些有机溶剂中也可能含有苯类物质，长期接触这些物质的人群患病风险也会升高。
物理因素相关
辐射因素： 大剂量的电离辐射，如 X 射线、γ射线等，会对人体的骨髓造血组织造成严重损害。当人体受到大剂量辐射照射后，骨髓中的造血干细胞会受到直接的损伤，导致其增殖和分化能力下降，进而影响血细胞的生成，引发再生障碍性贫血。例如在核事故等情况下，暴露于大剂量辐射下的人群，患再生障碍性贫血的概率会大幅增加。