舌头根部发硬并有疼痛，可能与以下原因有关：
1.感染：如口腔炎、咽炎等，病原体感染可导致舌头根部炎症，引起疼痛和发硬。
2.创伤：咬伤、烫伤、硬物划伤等可导致舌头根部损伤，引起疼痛和发硬。
3.神经病变：如舌下神经损伤、面瘫等，可导致舌头运动障碍，引起舌头根部发硬和疼痛。
4.自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、干燥综合征等，可累及口腔，导致舌头根部炎症和疼痛。
5.其他：如恶性肿瘤、重金属中毒、维生素缺乏等也可导致舌头根部发硬和疼痛。
如果出现舌头根部发硬并有疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、口腔检查、神经电生理检查等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，应注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，多喝水，有助于缓解症状。