肛周脓肿的治疗方法主要有药物治疗和手术治疗等。一般来说，肛周脓肿一旦确诊，多数情况下需要手术治疗，单纯药物治疗往往只能暂时缓解症状，很难根治。
药物治疗
抗生素治疗： 可选用针对革兰阴性杆菌的抗生素，如头孢类抗生素等，能起到控制感染的作用。不过，药物治疗主要是在手术前后辅助使用，或者用于一些病情较轻、暂时不适合手术的患者，但单纯靠药物很难彻底治愈肛周脓肿。止痛药： 对于疼痛明显的患者，可使用非甾体类抗炎止痛药，如布洛芬等，能缓解疼痛症状，但这只是对症处理，不能从根本上解决肛周脓肿的问题。
手术治疗
切开引流术： 这是治疗肛周脓肿最常用的方法。医生会在脓肿部位切开，排出脓液。一般在局部麻醉下就可以进行，术后需要定期换药，促进伤口愈合。这种手术能快速缓解疼痛和引流脓液，但有复发的可能。根治术： 对于低位单纯性肛周脓肿，可采用根治术。它能一次性彻底治愈，避免复发。手术会将脓肿内口以及感染的肛腺等一并处理。不过，手术难度相对切开引流术要大一些，术后恢复时间可能相对长一点，但能从根本上解决问题。肛周脓肿一次性根治术： 适用于部分适合的肛周脓肿患者，这种手术可以在根治疾病的同时，尽量减少对肛门功能的影响。手术需要准确找到内口并进行处理，对于医生的技术要求较高，但能取得较好的治疗效果。
其他治疗注意事项
在治疗肛周脓肿期间，患者要注意保持肛周清洁，每次排便后最好用温水清洗肛门，避免粪便残留加重感染。同时，要注意饮食，避免吃辛辣、刺激性食物，多吃蔬菜水果等富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，减少对肛周的刺激。另外，对于糖尿病患者等特殊人群，要积极控制血糖，因为高血糖不利于伤口愈合，会影响肛周脓肿的治疗效果。