双侧输卵管积水的治疗方法需根据患者的具体情况来定，一般来说，手术治疗是较为主要的方式，其中腹腔镜下输卵管造口术是常用的手术方法之一，约60%左右的患者通过该手术有望自然受孕。
手术治疗方案
腹腔镜下输卵管造口术： 适用于输卵管近端通畅的患者。通过腹腔镜找到双侧积水的输卵管，将积水部分切除，然后重新塑造输卵管伞端，恢复其拾卵功能，手术成功率约50%~70%。输卵管切除术： 对于输卵管积水严重、破坏严重，且无生育要求的患者可考虑。但切除后会减少一侧输卵管，自然受孕几率会降低约50%。
辅助生殖技术
试管婴儿（IVF-ET）： 如果双侧输卵管积水影响试管婴儿的成功率，可先处理积水再进行试管婴儿。一般在试管婴儿取卵前先通过手术处理积水，能使试管婴儿的妊娠率提高10%~20%。对于不适合先手术的患者，也可直接进行试管婴儿，不过妊娠率相对低一些。卵胞浆内单精子注射（ICSI）： 这是试管婴儿中的一种技术，适用于男性不育等情况，结合输卵管积水的情况，医生会综合评估制定治疗方案。
药物治疗辅助
抗生素治疗： 若输卵管积水是由炎症引起，在手术前后可能会使用抗生素来控制炎症。一般会根据药敏试验选择合适的抗生素，如头孢类抗生素等，使用抗生素时要注意严格按照疗程使用，通常需用药7~14天。但单纯药物治疗很难完全消除输卵管积水。中药辅助： 一些中药方剂可能有一定的抗炎、促进积水吸收作用，比如一些活血化瘀、利水渗湿的中药，但中药治疗输卵管积水的效果个体差异较大，一般作为辅助治疗手段，不能替代手术等主要治疗方法。