碱性磷酸酶偏高的危害大小不能一概而论，若由生理性因素引起，通常危害较小；但若是某些疾病导致，可能会带来不同程度的危害。比如儿童生长期碱性磷酸酶可生理性增高，一般危害不大，但若是肝胆疾病引起的碱性磷酸酶偏高，可能会影响肝脏正常功能，严重时可能导致肝功能衰竭等严重后果；若为骨骼疾病导致的碱性磷酸酶偏高，可能会影响骨骼的正常代谢与结构，影响骨骼的生长发育或导致骨骼疼痛等问题。
肝胆系统疾病相关危害
胆道梗阻：当出现胆道梗阻时，比如胆总管结石堵塞胆管，胆汁排出受阻，会使得碱性磷酸酶明显升高。此时可能会伴随黄疸，表现为皮肤、巩膜黄染，还可能出现腹痛、发热等症状。长期胆道梗阻还会影响脂肪和脂溶性维生素的吸收，导致营养不良等问题。肝炎：各种原因引起的肝炎，像病毒性肝炎，乙肝病毒感染后，肝细胞受损，碱性磷酸酶会升高。肝炎患者可能会有乏力、食欲减退、恶心、呕吐等症状，病情严重时会逐渐发展为肝硬化甚至肝癌。
骨骼系统疾病相关危害
佝偻病：多见于儿童，由于维生素D缺乏等原因导致钙磷代谢紊乱，引起骨骼病变，碱性磷酸酶会升高。患儿会出现骨骼畸形，如鸡胸、漏斗胸、O型腿或X型腿等，影响身体外观和正常运动功能，还可能导致生长发育迟缓。骨肿瘤：原发性骨肿瘤或者骨转移瘤等情况，会使骨骼组织发生异常改变，导致碱性磷酸酶偏高。患者可能会有骨骼疼痛，疼痛逐渐加重，影响肢体活动，随着病情进展，可能会出现病理性骨折等严重情况。
其他情况的影响
妊娠：孕妇在妊娠中晚期，碱性磷酸酶会生理性升高，这是因为胎盘产生的碱性磷酸酶增多。一般来说，这种生理性升高对孕妇本身危害不大，但需要定期监测，观察是否有其他异常情况出现。不过如果是妊娠合并其他肝胆或骨骼疾病导致的碱性磷酸酶异常升高，则需要根据具体疾病进行评估，可能会对孕妇和胎儿产生不良影响，比如影响胎儿的正常发育等。