女性感染HPV初期通常没有明显症状，约70%-80%的女性在感染HPV后，身体免疫系统可在1-2年内自行清除病毒，不会引发病变。
初期可能出现的皮肤表现
寻常疣表现：部分女性感染HPV后，可能在手部、足部等部位出现黄豆大小的丘疹，表面粗糙，摸起来发硬，形状多呈乳头瘤状。扁平疣表现：脸部、手背等部位可能出现扁平的小丘疹，一般为米粒至绿豆大小，颜色与皮肤相近或呈淡褐色，数目较多且密集分布。
初期可能出现的黏膜表现
宫颈黏膜情况：在宫颈部位感染HPV初期，大多没有特殊症状，但通过宫颈筛查可发现异常。部分女性可能会有白带增多的情况，但容易被忽视。阴道黏膜情况：阴道感染HPV初期，可能没有明显自觉症状，少数人可能感觉阴道有轻微瘙痒，但往往不会引起重视。
与其他感染的区分
与细菌感染区分：细菌感染可能会有局部红肿、疼痛较为明显的表现，比如细菌性阴道炎会有阴道分泌物增多且呈脓性、有异味，局部红肿瘙痒伴有疼痛等症状，而HPV初期多无这类明显的红、肿、痛剧烈表现。与真菌感染区分：真菌感染常见的如外阴阴道假丝酵母菌病，会有典型的豆腐渣样白带，瘙痒症状剧烈，呈发作性，而HPV初期一般没有这样典型的白带改变和剧烈瘙痒特点。