肛瘘手术的住院时长受多种因素影响，主要包括病情轻重、治疗方法、医院条件等。具体如下：
一、病情轻重：
1.若为低位的单纯性肛瘘，瘘管较短且切开的创口较浅，那么创面愈合会相对较快，通常住院三天左右即可。
2.要是病情较为复杂，病变部位较高，换药次数会增多，住院时间也就相对较长，大概需要半个月左右。
二、治疗方法：
1.肛瘘手术若采取微创手术，住院时间较短，一般3至5天就行。
2.但如果是采取完全切开等传统术式，由于创口较大，住院时间会在15至20天左右。
三、医院条件：
1.倘若就诊医院的病床比较紧张，在病情允许的情况下，可能会要求患者提早出院。
2.因为肛瘘手术后，不管是开放引流还是挂线疗法等，只要没有细菌感染，对人体的影响通常不大，患者可选择出院后在门诊换药。而当医院条件许可时，患者可以住院到完全恢复再出院。
总结概况提示：肛瘘手术住院时间取决于病情、治疗方式及医院床位等因素，不同情况住院时长差异较大。