肛瘘长期不治会有以下严重后果：
1.肛门疼痛、瘙痒、潮湿：肛瘘反复发作会导致这些症状持续存在，严重影响生活质量。
2.肛门失禁：肛瘘长期不愈可能导致肛门括约肌受损，引起肛门失禁，影响正常的排便功能。
3.直肠阴道瘘、直肠尿道瘘：肛瘘若未及时治疗，可能会并发直肠阴道瘘、直肠尿道瘘等并发症，增加治疗难度。
4.感染扩散：肛瘘长期不愈，感染可能会向周围组织扩散，引发肛周脓肿、败血症等严重并发症。
5.影响心理健康：肛瘘的症状和并发症会给患者带来身体和心理上的双重痛苦，长期不治可能会导致患者出现焦虑、抑郁等心理问题。
因此，一旦确诊为肛瘘，应及时就医，采取有效的治疗措施。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等，具体治疗方案应根据患者的具体情况而定。同时，患者在治疗期间应注意保持肛门清洁，避免食用辛辣刺激性食物，以促进病情的恢复。