结肠炎的治疗药物需根据类型选择，对于轻中度溃疡性结肠炎，常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，约50%左右的轻中度患者使用后能得到改善。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪：有口服剂型和灌肠剂等。口服美沙拉嗪可作用于肠道炎症部位，抑制炎症介质的产生。灌肠剂适用于病变局限在直肠乙状结肠的患者，直接作用于肠道病变处。柳氮磺吡啶：是传统的氨基水杨酸制剂，通过在肠道分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸发挥作用，对轻中度结肠炎有一定疗效，但部分患者可能出现过敏等不良反应。
糖皮质激素药物
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用。它能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，一般短期使用控制病情后需逐步减量。氢化可的松：可通过静脉滴注等方式用于重度结肠炎急性发作期，能迅速缓解炎症症状，但同样需注意其可能带来的不良反应，如电解质紊乱等。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的结肠炎患者。它通过抑制免疫反应发挥作用，但起效相对较慢，一般需数周甚至数月才能看到效果，且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的治疗，同样要注意其可能导致的血液系统等方面的不良反应。
生物制剂类药物
英夫利西单抗：对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，通过特异性结合肿瘤坏死因子-α发挥作用。但使用生物制剂需要严格掌握适应证和禁忌证，且费用相对较高，还可能增加感染等风险，使用前需进行全面评估。