酪酸梭菌二联活菌散主要用于治疗肠道菌群紊乱引起的各种消化道症状及相关的急、慢性腹泻等。一般来说，它的用法需要根据不同人群来区分。
不同人群的服用情况
儿童服用：
对于儿童，1岁以内的婴儿一次服用半袋；1-4岁的幼儿一次服用1袋；4岁以上的儿童一次可服用1-2袋。服用时可以将药粉用温水或牛奶冲服。需要注意的是，给儿童服用时要在成人监护下进行，避免儿童误服过量等情况。
成人服用：
成人一般一次服用2袋，一天服用3次。可以用温水送服，服用时间没有严格的限制，饭前饭后均可，但为了减少对胃肠道的可能刺激，也可以选择饭后半小时左右服用。
储存与保存方面
酪酸梭菌二联活菌散需要密封，在干燥处保存。要注意避免高温环境，因为高温可能会影响药物的活性成分。一般来说，储存温度建议在25℃以下。如果药物保存不当，可能会导致活菌数量减少，影响药效。
与其他药物的相互作用
在服用酪酸梭菌二联活菌散时，要注意避免与抗菌药物同时服用。因为抗菌药物可能会杀灭酪酸梭菌等活菌，降低本药的疗效。如果因病情需要同时使用抗菌药物，最好间隔2-3小时以上再服用酪酸梭菌二联活菌散。另外，如果正在服用其他药物，在服用酪酸梭菌二联活菌散前，最好咨询医生或药师，以防止药物之间发生不良的相互作用。例如，一些抗生素类药物与酪酸梭菌二联活菌散同时使用时，可能会干扰活菌在肠道内的定植和作用。