咽喉痛咳嗽可能由多种原因引起，比如上呼吸道感染，其中病毒性上呼吸道感染较为常见，约占急性上呼吸道感染的70% - 80%。
感染性因素导致
病毒感染：
普通感冒： 多由鼻病毒、冠状病毒等引起，除了咽喉痛、咳嗽，还常伴有流涕、鼻塞、低热等症状，一般病程在7 - 10天左右，儿童可能症状相对更明显些。流感病毒感染： 由流感病毒引起，起病急，除了咽喉痛、咳嗽，还会有高热（体温可达到39℃ - 40℃）、头痛、全身酸痛等症状，传染性较强。
细菌感染：
链球菌性咽炎： 由A组乙型溶血性链球菌引起，咽喉痛比较剧烈，可能伴有发热、扁桃体红肿、有脓性分泌物等表现，若不及时治疗可能引发风湿热等并发症。百日咳杆菌感染： 会出现较长时间的咳嗽，初期类似普通感冒症状，之后咳嗽逐渐加重，呈阵发性、痉挛性咳嗽，夜间较为明显，病程可长达2 - 3个月。
非感染性因素导致
环境因素：
空气污染： 长期处于雾霾、粉尘较多的环境中，空气中的有害颗粒刺激咽喉和呼吸道，容易引起咽喉痛、咳嗽，比如在一些工业污染严重的地区或者雾霾天气时，这种情况更易发生。干燥环境： 长时间处于干燥的环境中，如空调房间空气不湿润，会使咽喉黏膜水分流失，导致咽喉痛，同时刺激呼吸道引发咳嗽。
过敏因素：
过敏性鼻炎引发： 本身有过敏性鼻炎的人，接触过敏原后，除了鼻部症状如鼻痒、打喷嚏、流涕外，过敏反应可能累及咽喉，出现咽喉痛、咳嗽，常见过敏原如花粉、尘螨等。食物过敏： 食用了过敏的食物，像海鲜、坚果等，也可能引起咽喉部的过敏反应，出现咽喉痛、咳嗽，严重的可能还会有皮肤瘙痒、皮疹等表现。
其他因素：
用嗓过度： 长时间大声说话、唱歌等，会使咽喉部疲劳、受损，引起咽喉痛，同时刺激呼吸道导致咳嗽，比如教师、歌手等职业人群容易出现这种情况。胃食管反流： 胃酸反流至食管上部，刺激咽喉，引起咽喉痛、咳嗽，尤其在平卧时更容易发生，部分人可能还伴有烧心、反酸等症状。