新生儿手指甲根部发黑的原因主要有以下这些：
一、若宝宝存在呼吸系统疾病及先天性心脏病，导致其缺氧、血氧低，就会出现指趾末端紫绀发黑。这是因为当呼吸系统或心脏存在问题时，氧气的摄入和运输会受到影响，无法满足身体各个部位的需求，尤其是肢体末端更容易出现缺氧表现，进而引起指甲根部颜色发黑。
二、如果父母有真菌感染且具有传染性，可能会使宝宝也感染真菌，从而出现灰指甲。因为真菌可以通过密切接触等方式传播给宝宝，当宝宝的指甲受到真菌感染后，就可能会有颜色和质地等方面的异常改变，呈现出发黑的现象。
三、宝宝出生时经过产道挤压，或者是使用产钳助产导致产伤，会引起皮肤包括指甲的瘀血、出血，时间久了就可能局部发黑。这是因为外力的作用使得局部组织受到损伤，血液在指甲根部等部位积聚，随着时间推移，血液中的含铁血黄素沉积下来，就会表现为发黑。
总之，新生儿手指甲根部发黑可能是以上这些原因导致的，家长应仔细进行观察，必要时带宝宝到医院让医生进行检查，以明确具体病因。