扁桃体旁边长疙瘩的治疗方法需根据病因而定。如果是扁桃体炎引起的疙瘩，一般可先通过药物缓解。例如细菌感染导致的扁桃体炎，可使用抗生素类药物，不过具体用药要遵医嘱。
常见病因及初步判断
感染性因素
病毒感染： 如EB病毒感染可能导致扁桃体周围出现疙瘩样改变，这类情况可能会有发热、咽痛等表现。一般病毒感染有一定自限性，但严重时也需就医处理。细菌感染： 像链球菌感染引发的扁桃体炎，也可能让扁桃体旁边出现疙瘩，常伴有扁桃体红肿、疼痛较为明显等症状。
非感染性因素
扁桃体息肉： 可能是由于长期炎症刺激等原因导致，一般较小的息肉可能没有明显症状，较大的息肉可能会引起咽部异物感等。扁桃体囊肿： 多是腺体分泌物潴留形成，较小的囊肿可能无症状，较大囊肿可能会感觉咽部有异物。
不同情况的处理方式
病毒感染相关疙瘩处理
如果是病毒感染引起扁桃体旁边长疙瘩，且症状较轻，比如只是轻微咽痛，没有高热等严重情况，可通过多休息、多喝水来缓解，一般1 - 2周可能会有所好转。但如果症状加重，出现高热、咽痛剧烈等情况，就需要及时就医，可能需要使用抗病毒药物辅助治疗。
细菌感染相关疙瘩处理
若是细菌感染导致，医生可能会根据情况使用抗生素。比如常用的青霉素类抗生素，如果患者对青霉素不过敏，可考虑使用，但必须在医生判断后使用，因为滥用抗生素可能会带来不良后果。一般使用抗生素后，炎症得到控制，疙瘩可能会逐渐缩小。
扁桃体息肉或囊肿处理
对于扁桃体息肉，如果息肉较小且没有明显症状，可以定期观察，每3 - 6个月复查一次咽部情况。如果息肉较大，引起明显的咽部异物感、吞咽不适等症状，可能需要在合适的时机进行手术切除。而扁桃体囊肿，如果囊肿较小无症状，也可观察；囊肿较大或反复感染等情况，通常需要手术切除，手术一般在局部麻醉或全身麻醉下进行，术后要注意口腔卫生，避免感染。