治疗灰指甲常用的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物如阿莫罗芬搽剂相对比较安全，但起效可能较慢；口服抗真菌药物如伊曲康唑、特比萘芬等效果较好，但需要注意药物的副作用等情况。比如口服特比萘芬，通常需要连续服用数月，一般手指甲灰指甲需要服用6-12周，脚趾甲灰指甲需要服用12-16周。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂： 它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。每周使用1-2次即可，使用方便。不过它的起效相对较慢，一般需要连续使用几个月才能看到明显效果。而且对于比较严重的灰指甲，单独使用阿莫罗芬搽剂可能效果不佳。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药物，能改变真菌细胞膜的完整性，使真菌细胞内容物漏出而起到抗菌作用。可以直接涂抹在病甲部位，但使用时要注意保持病甲部位的清洁干燥，而且对于指甲增厚严重的情况，可能需要先进行削甲等预处理后再使用。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成，发挥抗真菌效应。服用方法是采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般手指甲灰指甲需要2-3个疗程，脚趾甲灰指甲可能需要3-4个疗程。不过使用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响。特比萘芬： 是烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜角鲨烯的环氧化反应，影响真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。它的服用相对比较简单，每天服用一次即可，但同样需要注意肝功能情况，而且在服用过程中如果出现肝功能异常等情况要及时停药。
治疗灰指甲的注意事项
坚持用药： 无论是外用还是口服药物，都需要坚持使用足够长的时间，不能看到稍有好转就停药，否则很容易导致灰指甲复发。比如口服药物一般需要连续服用数月，不能随意中断。注意个人卫生： 要保持手足部的清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。比如要定期将鞋袜进行消毒处理，可以用开水烫洗或者在阳光下暴晒。关注自身健康状况： 如果本身有其他基础疾病，如糖尿病等，要积极控制基础疾病，因为糖尿病患者更容易发生灰指甲且病情可能更难控制。比如糖尿病患者血糖控制不佳时，灰指甲的治疗效果可能会受到影响。