治疗霉菌性龟头炎需将外用抗真菌药物与隔离霉菌来源相结合进行治疗，必要时性伴侣也要同时接受治疗。
一、使用2%碳酸氢钠溶液清洗：用2%碳酸氢钠溶液浸洗包皮和阴茎头。因为霉菌性龟头炎主要病原菌是霉菌，其中白色念珠菌最为常见。对此病症的治疗，建议先用碳酸氢钠溶液清洗，而后涂抹派瑞松软膏或酮康唑软膏。
1.派瑞松软膏：是一种复合制剂，具有抗炎、止痒、抗过敏等作用，可用于治疗霉菌性龟头炎引起的相关症状。
2.酮康唑软膏：为广谱抗真菌药，主要成分是酮康唑，对多种真菌有抑制和杀灭作用，适用于霉菌性龟头炎的治疗。
二、高锰酸钾稀释液：可用1:5000的高锰酸钾稀释液，稀释后将包皮龟头放入一次性杯子里进行泡洗，每天早晚各1次，每次泡洗5分钟，会有一定治疗效果。
三、涂抹克霉唑软膏：克霉唑软膏属于咪唑类抗真菌药物，主要成分是克霉唑，具有抗真菌功效，对皮肤癣菌、念珠菌等有较好的杀灭作用。
四、口服氟康唑片：氟康唑片具有良好的抗真菌功效，对念珠菌、毛癣菌属、表皮癣菌属及新型隐球菌等都有一定抗菌作用。
在治疗期间要避免性生活以防止交叉感染，同时要注意清淡饮食，不可喝酒，不吃辛辣刺激生冷性食物，以免加重病情。对于经常复发霉菌性龟头炎且有包皮过长的患者，最好进行包皮环切术，经过治疗后一般不易复发。一些龟头炎病因虽不太明确，但包皮过长以及包皮垢刺激多与龟头炎的发生有关，所以男性应做好个人卫生，经常清洗下身，保持局部清洁，避免刺激。
总之，治疗霉菌性龟头炎要综合多种方法，并且要注意相关事项，以促进康复和减少复发。