会厌囊肿的治疗方法主要有手术治疗等。一般来说，对于较小的无症状的会厌囊肿可以先观察，而较大的或有症状的会厌囊肿多需手术切除。
手术治疗方式
支撑喉镜下囊肿切除术： 这是比较常用的手术方法。通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用激光、微波或传统的手术器械将囊肿切除。这种手术创伤相对较小，术后恢复较快。通常在全身麻醉下进行，患者不会感觉到疼痛。低温等离子消融术： 利用低温等离子技术对会厌囊肿进行消融切除。该方法的优点是出血少、术后水肿轻，恢复时间可能相对更短一些。手术过程中通过等离子能量使病变组织消融，对周围正常组织的损伤较小。
观察等待情况
小且无症状的囊肿： 如果会厌囊肿比较小，而且患者没有任何不适症状，比如没有咽喉部异物感、吞咽困难、呼吸困难等情况，可以暂时不做特殊处理，定期进行喉镜检查，观察囊肿的变化情况。一般建议每隔3 - 6个月复查一次喉镜，了解囊肿有无增大等情况。儿童患者的特殊情况： 对于儿童的会厌囊肿，如果囊肿非常小且没有引起明显症状，也可以在密切观察下，因为儿童的身体还在发育，部分小囊肿可能会随着生长发育自行消退。但需要密切关注儿童的呼吸、吞咽等情况。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要注意饮食。一般术后6小时内禁食禁水，6小时后可以进食温凉的流质或半流质食物，如米汤、藕粉、软面条等。避免食用过热、过硬、辛辣刺激性的食物，防止刺激手术部位，引起疼痛或出血等情况。通常术后1 - 2周可以逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意保持清淡。口腔卫生： 要保持口腔清洁，勤漱口。可以使用生理盐水或复方氯己定含漱液漱口，每天3 - 4次，以防止口腔内细菌感染，促进手术创面的愈合。休息与活动： 术后要注意休息，避免剧烈运动和大声说话。一般建议休息1 - 2周，让身体有足够的时间恢复。如果从事的工作需要频繁说话或剧烈运动，要适当延长休息时间，待手术部位完全恢复后再恢复正常工作和活动。