小腹时不时隐隐作痛可能由多种原因引起。比如女性若处于生理期，部分人可能会出现这种情况，一般持续时间较短，可能几小时到1 - 2天不等。而如果是疾病因素导致，原因就比较复杂了。
可能的疾病原因
妇科方面
盆腔炎： 女性盆腔内的器官发生炎症时，就可能出现小腹隐隐作痛。它分为急性和慢性，慢性盆腔炎往往会反复出现小腹隐痛，还可能伴有白带增多等症状。子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，会导致小腹周期性隐痛，尤其是在月经期间疼痛可能会加重，有的患者还会出现性交痛等情况。
肠道方面
肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠道疾病，患者会出现小腹隐隐作痛，疼痛程度一般较轻，同时还可能伴有排便习惯的改变，比如腹泻或者便秘，而且症状往往会在应激状态下加重，像精神紧张时。慢性结肠炎： 肠道黏膜长期处于炎症状态，会引起小腹隐痛，可能还会伴有腹泻、黏液便等症状，病情容易反复，病程较长。
泌尿系统方面
膀胱炎： 膀胱发生炎症时，除了小腹隐痛，还可能有尿频、尿急、尿痛的症状，尤其是急性膀胱炎，症状会比较明显，排尿时尿道有灼热感。输尿管结石： 输尿管内有结石时，可能会引起小腹隐隐作痛，这种疼痛往往比较剧烈，呈阵发性，同时可能会伴有血尿等情况，疼痛发作时患者可能会坐立不安。