龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可使用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常局部用药即可，一般用药后数天内症状会有所缓解。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏：属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥杀菌作用，适用于革兰阳性球菌引起的龟头感染。红霉素软膏：对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性，可用于细菌感染导致的龟头炎。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏：主要通过抑制真菌细胞膜的合成及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用，对白色念珠菌等有较好的抗菌效果。咪康唑乳膏：能干扰真菌细胞色素P-450的活性，影响真菌细胞膜的合成，对念珠菌属等有抗菌作用，可用于治疗念珠菌性龟头炎。
滴虫感染性龟头炎用药
甲硝唑：对于滴虫有杀灭作用，可口服甲硝唑片进行治疗，但要注意孕妇及哺乳期妇女禁用。不过现在也有甲硝唑凝胶等外用制剂，外用相对更安全些。比如男性患者确诊滴虫性龟头炎，可在医生指导下使用甲硝唑相关制剂。
过敏因素引起的龟头炎用药
氢化可的松乳膏：属于糖皮质激素类药物，具有抗炎、抗过敏作用，能减轻龟头炎因过敏导致的红肿、瘙痒等症状。但要注意长期大量使用可能会引起不良反应，需在医生指导下短期使用。氯雷他定片：是抗组胺药物，可缓解过敏引起的瘙痒等症状，若过敏因素导致龟头炎，口服氯雷他定片能减轻患者的不适。