新生儿先天性甲状腺功能减退症是由于甲状腺激素分泌不足引起的，具体原因如下：
1.甲状腺发育异常：胎儿甲状腺发育异常是导致先天性甲状腺功能减退症的主要原因之一。如果胎儿甲状腺发育不良、异位或缺失，就会导致甲状腺激素分泌不足。
2.碘缺乏：碘是甲状腺合成甲状腺激素的重要原料。如果孕妇在孕期碘摄入不足，就会导致胎儿甲状腺激素合成不足，从而引起先天性甲状腺功能减退症。
3.甲状腺激素合成障碍：某些基因突变或其他因素可能导致甲状腺激素合成过程中的酶或蛋白出现异常，从而影响甲状腺激素的合成和分泌。
4.自身免疫性疾病：孕妇体内的自身抗体可能攻击胎儿的甲状腺组织，导致甲状腺功能减退。
5.其他因素：母亲在孕期使用某些药物、患有自身免疫性疾病、接受放射性碘治疗等，也可能增加胎儿发生先天性甲状腺功能减退症的风险。
需要注意的是，先天性甲状腺功能减退症如果能在新生儿期及时诊断和治疗，通常不会对孩子的智力和身体发育造成严重影响。因此，新生儿出生后通常会进行足跟采血，进行先天性甲状腺功能减退症的筛查。如果筛查结果异常，需要进一步进行甲状腺功能检查，以明确诊断。一旦确诊，需要及时开始甲状腺激素替代治疗，并定期监测甲状腺功能，调整治疗剂量。