怀孕三个月肚脐眼周围疼可能是以下原因导致的：
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉周围的韧带，引起肚脐眼周围疼痛。这种疼痛通常是轻微的，并且会随着孕周的增加而逐渐缓解。
2.胃肠道问题：怀孕后，孕激素水平升高，可能会导致胃肠道平滑肌松弛，蠕动减慢，容易引起消化不良、胃胀、胃痛等症状，从而导致肚脐眼周围疼痛。
3.腹部受凉：如果肚脐眼周围受凉，可能会引起胃肠道痉挛，导致疼痛。
4.其他：如果孕妇患有其他疾病，如胃炎、胃溃疡、阑尾炎等，也可能会导致肚脐眼周围疼痛。
需要注意的是，如果疼痛持续时间较长、程度较重，或者伴有阴道出血、发热等症状，应及时就医，排除先兆流产、宫外孕等异常情况。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免过度劳累，保持心情愉悦，注意腹部保暖，避免食用辛辣、刺激性食物。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医。