圆锥角膜的发病原因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为与它的发生有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约50%的圆锥角膜患者有家族遗传倾向。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 前面提到约50%的圆锥角膜患者存在家族遗传倾向，如果家族中有亲属患有圆锥角膜，那么其他人患圆锥角膜的风险相对会增加。这种遗传倾向可能与基因的突变等遗传因素有关，但具体的遗传方式还在进一步研究中。
发育因素方面
角膜发育异常： 圆锥角膜多见于青春期前后，这可能与角膜的发育还不完善有关。在青春期身体快速发育的阶段，角膜的胶原纤维等结构发育出现异常，导致角膜逐渐变薄、向前突出形成圆锥形状。比如，青少年在这个时期如果出现视力逐渐下降、散光度数不断增加等情况，就要警惕圆锥角膜的可能。
其他可能因素
环境因素影响： 长期揉眼等不良用眼习惯可能会对角膜产生一定影响，但目前没有确凿证据表明揉眼是直接导致圆锥角膜的原因，但可能是在遗传等基础上的一种诱发或加重因素。另外，一些全身性疾病，虽然与圆锥角膜的直接关联不明确，但也可能间接影响角膜的状态。例如，有研究发现部分患有结缔组织病的患者，圆锥角膜的发病风险可能会有所升高，但这还需要更多的研究来证实具体的关联机制。