囊性结节和囊肿在本质、影像学表现、好发部位等方面存在区别。首先，囊性结节是一种实性组织中含有囊性成分的病变，其内部成分相对复杂；而囊肿一般是含有液体或其他物质的封闭性囊状结构，内部主要是相对单一的液体等成分。从影像学上看，囊性结节在超声等检查下可能边界不是特别规则，内部回声等情况相对复杂；囊肿通常边界比较清晰，呈圆形或椭圆形。
本质区别：
囊性结节： 它是在组织中既有实性部分又有囊性部分的病变，可能是由于组织的异常增生、炎症等多种因素导致，其细胞成分相对多样。例如一些甲状腺囊性结节，可能是甲状腺组织发生了局部的增生、退变等情况形成。囊肿： 是一种囊状结构，内部为液态或其他类似液体的物质，是由上皮细胞排列组成的壁包裹着内容物，比如常见的肝囊肿，就是肝脏内有一个由上皮细胞围成的囊，里面填充着液体。
影像学表现差异：
囊性结节： 在超声检查时，其超声图像表现为边界不太规则，内部回声不均匀，可能会有实性部分的回声以及囊性部分的无回声或低回声等混合情况。在CT检查中，也能看到有实性成分和囊性成分的混合影像。囊肿： 超声下囊肿通常呈现为边界清晰的圆形或椭圆形无回声区，壁薄而光滑。CT检查时表现为边界清楚的低密度影，密度均匀，与周围组织分界明显。
好发部位不同：
囊性结节： 常见于甲状腺、乳腺等部位。比如甲状腺囊性结节较为多见，可能与甲状腺的生理功能、自身免疫等多种因素有关；乳腺囊性结节也不少见，可能和内分泌失调等因素相关。囊肿： 好发部位更广泛，肝囊肿较为常见，另外肾囊肿、卵巢囊肿等也较为多见。肝囊肿可能与先天性发育异常等有关；肾囊肿可能与肾脏的结构变化等因素有关；卵巢囊肿则可能与女性的内分泌、排卵等生理过程相关。