根尖囊肿的治疗通常如下：
一、如果是因牙齿感染导致的根尖囊肿，一般进行完善的根管治疗，清除根管内的感染，机体便能慢慢将其清除。但由于根管系统极为复杂，若根管治疗无法控制囊肿，就需通过根尖手术来处理。
1.术前准备：术前需做CBCT检查，这是一种牙科专用的小CT，能三维立体地定位囊肿的具体位置与深度。
2.局部麻醉：手术通常采用局部麻醉的方式，可在门诊手术室完成。
3.手术过程：手术时，首先在牙槽侧壁离囊肿最近处切开去骨，暴露出囊肿部位后，切除约3mm根尖组织，同时将囊肿摘除并清理干净，再用生物材料封闭根尖部的根管。若囊肿造成的空腔较大，则需用生物膜覆盖骨的窗口，接着进行黏膜的切口缝合。
二、特别提示：手术结束后，医生会给患者加压包扎和冷敷以防止术后肿胀。1周后可复查拆线，再按照医生要求定期复查。
总之，根尖囊肿的治疗要根据具体情况选择合适的方法，术后要做好相应的护理和复查。