慢性咽炎通常是由多种因素共同作用引起的。一般来说，大约有以下几方面原因：
局部因素
咽喉部邻近器官病变： 鼻腔、鼻窦的炎症，如鼻窦炎，炎性分泌物会倒流至咽喉部，长期刺激咽喉黏膜，可引发慢性咽炎。例如，有研究发现约30%的慢性咽炎患者伴有鼻窦炎病史。另外，扁桃体炎反复发作，炎症蔓延至咽喉部，也会导致慢性咽炎的发生。不良的用声习惯： 长期过度用声，像教师、歌手等职业人群，持续长时间讲话、唱歌，会使咽喉部黏膜受损，容易引发慢性咽炎。一般每天用声超过4小时，就会增加患慢性咽炎的风险。
全身因素
呼吸道慢性炎症： 气管炎、支气管炎等呼吸道慢性炎症，其炎症可蔓延至咽喉部。比如，慢性支气管炎患者，炎症长期刺激下，咽喉部也会出现炎症反应，进而发展为慢性咽炎。过敏因素： 过敏性体质的人，接触过敏原后，如花粉、尘螨等，会引起咽喉部黏膜的过敏反应，导致慢性咽炎。据统计，约15%的慢性咽炎患者与过敏因素有关。消化系统疾病： 胃食管反流是常见的引起慢性咽炎的消化系统因素。胃内容物反流至食管上段，甚至到达咽喉部，胃酸等刺激性物质会损伤咽喉黏膜，引发慢性咽炎。有数据显示，约50%的慢性咽炎患者存在胃食管反流情况。
环境因素
空气污染： 长期处于污染的环境中，如工业废气、汽车尾气、雾霾等，空气中的有害颗粒、化学物质会刺激咽喉黏膜，导致慢性咽炎。在污染严重的城市，慢性咽炎的发病率比空气质量好的地区高出约20%。气候干燥或寒冷： 干燥的空气会使咽喉部黏膜水分流失，抵抗力下降；寒冷的空气则会刺激咽喉部血管收缩，局部血液循环不畅，容易引发炎症，从而增加慢性咽炎的发病几率。例如，在秋冬季节，气候干燥寒冷，慢性咽炎的患者就诊人数会明显增多。