灰指甲通常可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般外用抗真菌药如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能有效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次。环吡酮胺乳膏：属于广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等都有抗菌作用。可直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次，需要持续使用较长时间。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450依赖酶，干扰真菌麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即每月服药1周，连续服用3 - 4个月，不过服药期间需要定期监测肝功能。特比萘芬：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。一般每天口服一次，连续服用2 - 3个月，同样要注意监测肝功能。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。在局部麻醉下将病甲拔除，不过术后要注意预防感染，而且新长出来的指甲也有可能再次被感染。手术拔甲痛苦相对较大，现在应用相对少一些，多用于病情较严重或其他治疗方法效果不佳的情况。
日常注意事项
保持足部清洁干燥：灰指甲多与足部潮湿多汗有关，要勤换鞋袜，选择透气的鞋子，尽量保持足部干燥。比如每天更换袜子，鞋内可以放置干燥剂等。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等生活用品，防止将灰指甲传染给他人，也避免自身其他指甲被感染。