消化不良时可使用的药物有促胃肠动力药、助消化药等。一般来说，促胃肠动力药如多潘立酮，能促进胃肠道蠕动，通常可在短时间内缓解消化不良症状。
促胃肠动力药
多潘立酮： 可促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等消化不良症状，适用于因胃肠动力不足引起消化不良的人群。不过，孕妇及哺乳期妇女应慎用。莫沙必利： 同样是促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善消化不良相关症状，老年人使用时需注意观察身体反应。
助消化药
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药等中药组成，能健胃消食，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等。儿童服用时需在成人监护下进行。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖并防止肠内发酵，减少产气，适用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等，但不宜与抗菌药物同服。
抑酸剂
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃酸分泌来缓解因胃酸过多引起的消化不良，如伴有烧心、反酸等症状的消化不良。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。雷尼替丁： 为H₂受体拮抗剂，能抑制基础胃酸及刺激引起的胃酸分泌，可用于缓解胃酸过多所致的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等消化不良症状，孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用。