尿尿的时候龟头疼可能由多种原因引起。比如尿道炎，这是比较常见的原因之一，当尿道受到细菌等病原体感染时，排尿过程中尿液刺激发炎的尿道和龟头，就可能出现龟头疼的情况。
一、尿道炎导致的龟头疼
淋菌性尿道炎： 由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播，男性感染后除了尿道有脓性分泌物、尿频、尿急等症状外，排尿时也可能出现龟头疼，一般在感染后1 - 14天发病。非淋菌性尿道炎： 多由沙眼衣原体、解脲脲原体等感染所致，症状相对淋菌性尿道炎较轻，但也会出现尿道瘙痒、灼热感，排尿时龟头疼等表现，病程可能持续数周甚至数月。
二、龟头炎引发的龟头疼
急性浅表性龟头炎： 多因局部摩擦、创伤、清洁剂刺激等引起，龟头会出现水肿、红斑、糜烂、渗出，排尿时尿液刺激患处就会导致龟头疼，严重时还可能有脓性分泌物。念珠菌性龟头炎： 由念珠菌感染引起，多见于糖尿病患者、长期应用广谱抗生素或皮质类固醇激素者。龟头会有红斑、丘疹，表面光滑，周边有小疱疹，急性发作时也会有龟头疼，且伴有局部瘙痒。
三、其他原因导致的龟头疼
外伤： 如果龟头受到过外伤，比如性生活中过于剧烈、外力撞击等，排尿时尿液流经受伤部位就会引起龟头疼，可能还能看到明显的外伤痕迹。过敏： 对某些物质过敏，如避孕套、洗涤剂等，接触后可能引起龟头过敏反应，出现红肿、瘙痒、疼痛，排尿时也会感觉龟头疼。