孩子身材矮小的原因有多种。据统计，大约有30%的矮小儿童是由生长激素缺乏等内分泌因素导致的。
内分泌因素导致
生长激素缺乏： 生长激素是促进人体生长的重要激素，若孩子体内生长激素分泌不足，就会影响身高增长。这种情况多是由于垂体前叶分泌生长激素的细胞功能障碍引起。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对孩子的生长发育也至关重要，甲状腺功能减退会使孩子代谢减慢，生长速度也会受到影响，表现为身材矮小、智力发育可能也受一定影响。
遗传因素导致
父母身高影响： 如果父母本身身高偏矮，孩子遗传到矮身高基因的可能性就比较大。一般来说，孩子的身高有70%左右受遗传因素影响，如果父母双方都比较矮，孩子身材矮小的概率会相对较高。家族性矮小： 家族中存在长期的矮小体质情况，也可能导致孩子身材矮小，这是家族遗传基因累积影响的结果。
疾病因素导致
慢性疾病： 一些慢性疾病会影响孩子的营养吸收和身体代谢，从而阻碍生长。比如慢性肾病，会使孩子体内代谢紊乱，影响生长激素的作用，导致身材矮小；还有先天性心脏病，孩子长期缺氧，也会影响生长发育。染色体异常： 像特纳综合征，这是一种女性性染色体异常疾病，患儿会出现身材矮小、第二性征不发育等症状；还有唐氏综合征，患儿除了智力低下外，也常伴有身材矮小的表现。
营养因素导致
营养不良： 孩子如果长期挑食、偏食，会导致营养摄入不足，缺乏蛋白质、钙、锌等重要营养素，就会影响骨骼的生长和身体的发育，从而出现身材矮小的情况。例如长期缺乏钙元素，会影响骨骼的钙化，阻碍长高。营养过剩： 反之，如果孩子过度肥胖，可能会导致内分泌紊乱，影响生长激素的分泌，也会影响身高增长，而且肥胖还可能引发其他健康问题，进一步影响孩子的生长发育。