治疗鼻窦炎的药物主要有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素是治疗细菌感染性鼻窦炎的常用药物，比如阿莫西林克拉维酸钾等。
抗生素类药物
青霉素类抗生素： 像阿莫西林，适用于敏感菌引起的鼻窦炎。但对青霉素过敏者禁用。儿童使用时需根据体重等调整剂量。头孢类抗生素： 例如头孢克洛，对多种细菌有抗菌作用。不过，使用前要确定患者没有头孢类药物过敏史，而且6个月以下婴儿使用需谨慎。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。成人及12岁以上儿童可以使用，2 - 11岁儿童使用时需在医生指导下。布地奈德鼻喷雾剂： 也可用于鼻窦炎的治疗，具有抗炎作用。6岁以上儿童及成人适用，使用时要注意正确的喷鼻方法。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出黏液。成人一般一次0.3g，一日3 - 4次；儿童需要根据年龄和体重调整剂量，比如4 - 10岁儿童一般一次0.12g，一日2 - 4次。标准桃金娘油肠溶胶囊： 同样能调节黏液分泌，促进纤毛活动。成人常用量为一次300mg，一日2 - 3次；儿童用药需遵医嘱。