羊水穿刺最好的时间一般是在妊娠16~22周。这个时间段进行羊水穿刺，羊水相对较多，胎儿较小，抽取羊水时对胎儿造成损伤的风险较低。
妊娠早期不适合做羊水穿刺
妊娠早期，也就是怀孕前3个月左右，此时子宫较小，羊水也相对较少，进行羊水穿刺操作时，很难准确抽取到足够量的羊水，而且容易伤及胎儿，所以妊娠早期不适合做羊水穿刺。比如怀孕12周之前，进行羊水穿刺成功获取足够羊水样本的难度较大。
妊娠晚期做羊水穿刺有风险
妊娠晚期，一般指怀孕22周以后，这时候胎儿较大，羊水穿刺时可能会刺激子宫引起宫缩，增加早产的风险。而且随着孕周增加，胎儿在子宫内的活动空间相对变小，穿刺过程中损伤胎儿的几率会有所上升。例如怀孕24周之后再做羊水穿刺，早产的可能性就会增加。
最佳时间段的具体优势
在16~22周这个时间段，羊水穿刺能较好地获取胎儿细胞进行染色体等方面的检测。此时羊水细胞活性较好，能够更准确地进行遗传学诊断，像诊断胎儿是否患有唐氏综合征等染色体异常疾病，在这个时间段进行操作，获取的检测结果可靠性较高。同时，这个时期子宫的敏感度相对较低，进行羊水穿刺引起子宫收缩的可能性相对较小，能最大程度保障孕妇和胎儿的安全。