肺气肿的药物治疗需根据病情来定，常用的药物有支气管舒张剂，像沙丁胺醇气雾剂，能在几分钟内起到舒张支气管的作用，缓解气喘症状；还有抗胆碱能药物，如噻托溴铵粉雾剂，药效可持续24小时左右，能改善肺气肿患者的通气功能。
支气管舒张剂类药物
β₂受体激动剂：像沙丁胺醇，它可以选择性作用于支气管平滑肌的β₂受体，迅速舒张支气管，一般吸入后几分钟就能起效，缓解喘息等症状，但不宜长期单一使用，容易产生耐药性。抗胆碱能药物：例如异丙托溴铵，通过阻断支气管平滑肌上的M受体，减少支气管的收缩，药效持续时间相对较长，能改善肺气肿患者的气流受限情况。
糖皮质激素相关药物
吸入性糖皮质激素：像布地奈德福莫特罗粉吸入剂，其中既含有糖皮质激素布地奈德，又有支气管舒张剂福莫特罗，对于中重度且反复加重的肺气肿患者，能起到减轻气道炎症、减少发作的作用。不过长期使用可能会有口腔念珠菌感染等副作用，需要注意用药后漱口。口服糖皮质激素：在肺气肿急性加重期可能会用到，比如泼尼松片，能快速减轻炎症反应，但不建议长期口服，因为可能会引起骨质疏松、血糖升高等不良反应。
祛痰药
氨溴索：可以增加呼吸道黏膜浆液腺的分泌，减少黏液腺分泌，从而降低痰液黏度，促进肺表面活性物质的分泌，增加支气管纤毛运动，使痰液易于咳出，一般口服后1小时左右开始起效，适用于痰液黏稠不易咳出的肺气肿患者。乙酰半胱氨酸：能使痰液中的黏蛋白多肽链中的二硫键断裂，降低痰液黏度，还具有抗氧化作用，可减轻肺气肿患者的氧化应激损伤，有口服制剂也有吸入制剂。
抗菌药物
当肺气肿患者出现急性加重，有咳嗽、咳痰增多、痰色变黄等细菌感染迹象时会用到抗菌药物。比如阿莫西林克拉维酸钾，适用于敏感菌引起的呼吸道感染，但要注意如果患者对青霉素类药物过敏则不能使用；还有头孢呋辛酯，对常见的呼吸道致病菌有较好的抗菌活性，使用前需要询问患者的药物过敏史等情况。